Pesadelos das Profundezas: Davy Jones é o capítulo final da trilogia pirata Pesadelos das Profundezas, e conta a história da destemida guardiã do museu Sarah Black e sua filha, Cory. Depois de descobrir notas misteriosas que confirmam a verdade da lenda de Davy Jones, Sarah convoca uma conferência de imprensa para revelar ao mundo inteiro que o velho diabo do mar e seu tesouro mítico são reais, escondidos em uma ilha misteriosa. De repente, o galeão do infame pirata aparece no horizonte, e o próprio Davy Jones invade o museu para sequestrar Sarah e sua filha. Tanto Sarah quanto sua filha são jogadas no brigue do navio de Jones. Eles conseguem escapar e, enquanto procuram um caminho de volta à costa, descobrem segredos sombrios sobre as origens sobrenaturais do navio. Mas antes que eles possam escapar em um dos botes salva-vidas, eles são pegos, e para salvar sua mãe, Cory concorda em assinar um pacto sombrio com Davy Jones